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La chiesa fu edificata a partire dal 1280, sull'area di un preesistente oratorio dedicato a S. Lorenzo nel quartiere di Porta Nuova. Secondo il Barbarano, che nel '600 scrisse la Historia ecclesiastica della città, territorio e diocesi di Vicenza, l'edificio originario esisteva già dal 1185 quando fu donato dal vescovo Pistore ai canonici della Cattedrale e questi nel 1280 lo permutarono con i Minori per la chiesa di S. Francesco.

I frati francescani infatti, giunti a Vicenza tra il 1216 e il 1222, si erano insediati nell'ospedale di S. Salvatore, dove prestavano servizio agli ammalati e officiavano la chiesetta omonima situata nei pressi della Cattedrale, avendo però cambiato la titolazione in S. Francesco.

Il passaggio a S. Lorenzo permise loro la costruzione di una chiesa decentrata rispetto al Duomo, cui afferivano gli abitanti di un borgo in particolare espansione com'era quello di Porta Nuova e, nello stesso tempo, l'ordine religioso si prese cura delle importanti reliquie dei Ss. Lorenzo, Quirico e Margherita, ivi rinvenute nel 1278. L’edificio dovette essere compiuto già dal 1300, anno in cui il Maggior Consiglio della città deliberava che il podestà, la Curia, gli Anziani e le Arti visitassero il tempio.

Il Comune stesso aveva contribuito alla sua edificazione rinunciando, in favore della fabbrica, alla terza parte dei ricavato della vendita dei beni confiscati agli eretici dal Tribunale dell'Inquisizione (officio affidato ai Francescani dal 1254). Dal 1290 si impegnava inoltre a versare delle ingenti quantità di denaro pro constructione et edificatione dicte ecclesie. Non mancò inoltre il concorso dei privati, che sostennero con legati e donazioni quello che si avviava ad essere uno straordinario centro di cultura e di predicazione.

La chiesa gotica, con forti reminescenze romaniche, si arricchì di altari e di straordinarie opere d'arte che i Minori Conventuali custodirono per secoli. Nel XIV secolo fu addossato alla parete laterale destra l'oratorio dell'Immacolata Concezione (demolito nel 1909) e nel sec. XV quello di S. Bernardino, che si affacciava sulla piazza dal lato sinistro del Tempio (distrutto nel 1755). Nel 1796 le truppe napoleoniche devastarono la chiesa trasformandola in fienile e adibendo il convento a caserma. Gli stessi frati Minori, prima trasferiti nella chiesa dei Servi, subirono nel 1810 la soppressione. Soltanto nel 1836 l'edificio divenne proprietà del Comune di Vicenza, e dopo un primo restauro fu riaperto al culto trasportandovi sepolcri e monumenti da altre chiese nell'intento di fare di S. Lorenzo una piccola S. Croce vicentina. L’urgenza di ulteriori restauri portò ad una seconda chiusura, dal 1871 al 1911, finché nel 1927 fu riaffidata ai Minori Conventuali, che nel frattempo avevano perso il diritto di proprietà e che a tutt'oggi officiano la chiesa.